Spoiler
C'est exactement ça ! 
En fait, les motivations de la "race robotique" me sont totalement incompréhensibles :
1) Les robots s'estiment comme l'évolution ultime de l'humanité avec comme point de départ le génocide de l'humanité (ce point de vue ne me pose aucun problème, car sous-entendus philosophiques intéressants sur plusieurs axes : paricide, violence pour contrer la violence, la race élue)
2) Réalisation de génocide : au moment où les humains envoient une mission vers le vortex qui est sensé être une potentielle réponse ultime de la vie. Là, je ne comprends pas, car par cette construction, les 2 événements ne sont pas liés : en gros, quelque soit ce que pourrait être ce vortex, les robots ne considèrent pas que son analyse/destruction n'aura d'impact sur leur décision ; ce qui me pousse à penser que cet événement et donc sa révélation à n'importe quel moment n'a aucun intérêt pour le lecteur.
Ce qui est dommage, car comme on est théoriquement dans une aventure interactive où l'on prend des décisions, nous jeter à la figure une telle révélation gratuite sur laquelle on n'a aucun contrôle ni décision à prendre est totalement frustrante (et incompréhensible).
C'est en ces 2 points que je considère que cette contruction ludo-narrative est à la fois déficiente et inutile.
3) Dommages collatéraux :
A un moment, on reçoit un message de notre véritable mission (détruire le vortex). Mais comme les humains sont tous morts à ce moment, qui a envoyé le message ? Et par truchement, à quoi ça sert de rendre notre communication impossible via la péripétie du nuages ioniques alors que justement, une "non réponse" du système en parfait état de marche serait bien plus bénéfique en tension narrative.
Si les robots sont notre évolution ultime, pourquoi se cassent-ils les boulons à garder 5 humains en vie pour une mission de reconnaissance du vortex ? Jamais t'envoie des éléments moins performants pour juger d'une menace sur toi-même

???? Non, tu eradiques les humains et tu envoies tes meilleurs androides voire de quoi il en retourne

!!
4) Une façon plus cohérente de traiter cette histoire ludo-narrativement (et redonner un peu la main au jouquineur) consisterait à considérer Yuri comme une observatrice "de la dernière chance" : les robots envisagent de détruire l'humanité, mais ils vont profiter de l'analyse du vortex pour prendre leur décision. On exploite alors cette révélation dans les 2 fins possibles :
La bonne : le chef de mission renonce à la destruction du vortex. Les robots font sécession pacifiquement.
La mauvaise : le chef de mission détruit le vortex. Le robots prennent acte de la "folie destructrice irrémédiable" des humains et lance leur expurgation.
Je pense que là, c'est plus cohérent tant en narration qu'en interaction/arborescente ; même si cela reste extrêmement passif (on n'a aucun contrôle) ; mais au moins, on a une satisfaction dans la résolution de cet arc narratif (les robots sont l'évolution des humains).
Cependant, cet aspect du scénario, au vu du thème et du traitement, reste tellement à la marge qu'abandonner cette idée pour rafistoler d'autres aspects plus litigieux du récit resterait la meilleure chose à faire.
La parole est à la défense